光片顯微鏡(Light-Sheet Microscopy, LSM)是一種強(qiáng)大的三維成像技術(shù),廣泛應(yīng)用于生物學(xué)研究。本文將為您科普光片顯微鏡中的不同光片技術(shù),重點(diǎn)介紹主瓣、光切片、長度、分辨率、對(duì)比度和激光強(qiáng)度等關(guān)鍵性能指標(biāo)及其相互關(guān)系。
光片顯微鏡簡(jiǎn)介
光片顯微鏡通過在樣品上形成一層薄而均勻的光片來照明,從而獲得樣品的二維圖像。通過移動(dòng)樣品或光片,可以快速獲取整個(gè)三維樣本的圖像。這種方法不僅減少了光漂白和光毒性,還提高了成像速度和深度。
主瓣與光切片:光片的“心臟"與“軀體
在光片顯微鏡中,主瓣是指光片中強(qiáng)度最高的區(qū)域,它直接影響著顯微鏡的軸向分辨率。主瓣越薄,理論上分辨率越高。然而,光片的光切片,即整個(gè)光片的厚度,同樣對(duì)成像質(zhì)量有著決定性的影響。光切片不僅包括主瓣,還包括可能影響對(duì)比度的旁瓣或次要結(jié)構(gòu)。
在許多先前的出版物中,未能區(qū)分光片厚度和主瓣厚度可能會(huì)導(dǎo)致混淆,例如在提到“通過掃描貝塞爾光束產(chǎn)生的超薄平面照明"或“超薄貝塞爾光片"時(shí),主瓣比相同長度的傳統(tǒng)高斯光片更薄【19,25】。對(duì)于zui常用的具有高斯分布的光片來說,只有一個(gè)光片,主瓣厚度和光片厚度的測(cè)量值嚴(yán)格成比例。但如圖1 所示,這對(duì)于具有輔助結(jié)構(gòu)(如側(cè)瓣或多條平行光片)的多瓣光束并不適用。
對(duì)于多瓣光束,當(dāng)僅考慮主瓣厚度時(shí),樣品暴露的總照明功率中有相當(dāng)一部分被忽略。這種額外的曝光會(huì)在光片顯微鏡中貢獻(xiàn)到檢測(cè)到的熒光信號(hào),從而可能降低圖像對(duì)比度。因此,考慮以下幾點(diǎn)非常重要:通常顯示的沿檢測(cè)軸的 PSF 切片可以用來推斷軸向分辨率。然而,它們使觀察者無法計(jì)光學(xué)分層性能或光片厚度。
圖 1. 不同光束形狀對(duì)光片顯微鏡中軸向分辨率 dz 和光學(xué)切片 OS 影響的示意圖。
照明點(diǎn)擴(kuò)散函數(shù)(PSF,藍(lán)色)表示照明光的強(qiáng)度。
檢測(cè)點(diǎn)擴(kuò)散函數(shù)(PSF,綠色)表示熒光光子的位置依賴性檢測(cè)概率。
虛線表示等強(qiáng)度表面,例如,峰值的 37%。
虛紅線表示結(jié)合照明和檢測(cè) PSF 的等表面(照明強(qiáng)度和檢測(cè)概率的乘積)。它沿檢測(cè)軸的范圍與系統(tǒng)的軸向分辨率成比例。
綠色陰影區(qū)域表示熒光分子被照明并收集熒光的體積。光學(xué)切片測(cè)量該體積沿檢測(cè)軸的范圍。
在 a) 中,顯示了單瓣照明光束,分辨率是各向異性的,即橫向分辨率優(yōu)于軸向分辨率,但光學(xué)切片接近軸向分辨率。
在 b) 中,顯示了多瓣照明光束,分辨率是各向同性的,但從旁瓣照明區(qū)域收集到額外的熒光信號(hào)。光學(xué)切片劣于軸向分辨率。旁瓣照亮離焦平面,使圖像模糊。
光片長度:決定視野的關(guān)鍵
光片的長度是另一個(gè)關(guān)鍵參數(shù),它決定了可以均勻照明的樣本區(qū)域大小。較長的光片可以覆蓋更大的視野,但可能會(huì)犧牲一些分辨率。
分辨率與對(duì)比度:成像質(zhì)量的雙重奏
分辨率是衡量顯微鏡性能的基石,它決定了我們能看到的最小細(xì)節(jié)。而對(duì)比度則是圖像中亮區(qū)與暗區(qū)的差異,高對(duì)比度意味著更清晰的圖像細(xì)節(jié)。在光片顯微鏡中,主瓣的厚度和光切片的均勻性共同決定了分辨率和對(duì)比度:
軸向分辨率取決于顯微鏡點(diǎn)擴(kuò)散函數(shù)(PSF)沿檢測(cè)軸的分布寬度
圖像對(duì)比度取決于光片的整體厚度
激光強(qiáng)度:照亮微觀世界的光源
激光強(qiáng)度是生成光片的基礎(chǔ)。不同強(qiáng)度的激光可以產(chǎn)生不同特性的光片。例如,高強(qiáng)度激光可以生成更薄的主瓣,但也可能增加樣品的光漂白和光毒性。
圖 2. 主峰厚度和光學(xué)分層的定義。展示了單峰光束 (a) 和多峰光束 (b) 的強(qiáng)度在 yz 方向上的橫截面。在焦點(diǎn)處 (紫色線) 和距離 y = L 處 (厚度加倍的地方, 藍(lán)色線) 的相應(yīng)剖面顯示在 c-j 中。c, d 和 e, f 分別說明了單峰光束 (c, d) 和多峰光束 (e, f) 的主峰厚度,定義為在焦點(diǎn)處強(qiáng)度高于最大強(qiáng)度 37% 的范圍,分別在焦點(diǎn)處 (c, e) 和距離 y = L 處 (d, f)。子圖 g-j 相應(yīng)地說明了光學(xué)切片厚度 wOS ,定義為包含光束功率 63% 的范圍。
觀察由掃描光束形成的光片時(shí),相關(guān)的測(cè)量包括:
在檢測(cè)軸上強(qiáng)度shou次下降到峰值強(qiáng)度的一部分的距離
在距離檢測(cè)焦平面一定距離內(nèi)由光片產(chǎn)生的總熒光量
第一個(gè)測(cè)量標(biāo)準(zhǔn)提供軸向分辨率,而第二個(gè)提供對(duì)比度。軸向分辨率是沿檢測(cè) z 軸可以分辨出兩個(gè)物體的最小距離。對(duì)比度是聚焦特征信號(hào)與背景信號(hào)(主要來自失焦特征)的差異。圖 2a 顯示了由單峰光束形成的光片的示例。圖 2c 和 2d 顯示了在光束傳播軸上兩個(gè)位置處以 1/e=37% 峰值強(qiáng)度測(cè)量的分布寬度,圖 2g 和 2h 顯示了標(biāo)記光束總能量 63% 的積分輪廓。在強(qiáng)度大于峰值強(qiáng)度 37% 的范圍內(nèi),高斯強(qiáng)度分布的光片攜帶其總能量的 84%。原因在于光片不是一個(gè)圓對(duì)稱光束,而是主要沿檢測(cè)軸向一個(gè)方向擴(kuò)展。
在比較不同光片時(shí),第一個(gè)測(cè)量標(biāo)準(zhǔn)(強(qiáng)度下降)與第二個(gè)測(cè)量標(biāo)準(zhǔn)(區(qū)域內(nèi)包含的能量)之間的比例與任何長度的單峰光片的比例數(shù)值無關(guān)。
對(duì)于多峰光片來說,第一個(gè)和第二個(gè)測(cè)量標(biāo)準(zhǔn)得到的值可能會(huì)有顯著差異,因?yàn)樗鼈儽憩F(xiàn)出更復(fù)雜的結(jié)構(gòu)。如圖 2 右側(cè)所示,強(qiáng)度分布降到峰值的 1/e 的距離僅反映了主峰的厚度(圖 2e, f)。因此,作者引入了“主峰厚度"這個(gè)術(shù)語來表示這個(gè)測(cè)量標(biāo)準(zhǔn)。圖 2i, j 中標(biāo)示的光學(xué)分層 wOS 考慮到主峰可能不具備足夠的能量來貢獻(xiàn)總檢測(cè)信號(hào)的 63%。
這一測(cè)量標(biāo)準(zhǔn)給出的值明顯大于主峰厚度,更接近反映了光片的真實(shí)厚度。
性能間的關(guān)系:協(xié)同與權(quán)衡
在實(shí)際應(yīng)用中,這些性能參數(shù)之間存在著協(xié)同與權(quán)衡。例如,追求更薄的主瓣以提高分辨率可能需要犧牲一些光切片的均勻性,從而影響對(duì)比度。同樣,增加激光強(qiáng)度以改善信噪比,也可能帶來光漂白的風(fēng)險(xiǎn)。
不同光片技術(shù)的原理與應(yīng)用
1. 高斯光片
最常見的光片類型,以其簡(jiǎn)單的高斯強(qiáng)度分布而著稱。適用于需要均勻照明的大視場(chǎng)成像。
2. 聚焦平坦頂光片
在焦點(diǎn)處提供均勻的照明,但邊緣有較弱的環(huán)狀結(jié)構(gòu),適用于需要高對(duì)比度的成像。
3. 貝塞爾光片
具有自我重建的特性,即使在復(fù)雜介質(zhì)中也能保持形狀不變,適用于需要高分辨率的成像。
4. 艾里光片
通過特定的相位調(diào)制產(chǎn)生,具有在特定方向上傳播的特性,適用于需要高對(duì)比度和高分辨率的成像。
5. 雙光束光片
通過兩個(gè)子光束的干涉產(chǎn)生,形成一系列光片,適用于深層樣品成像。
圖2. 各種光束類型相對(duì)于高斯光束的光學(xué)分層(藍(lán)色)和主瓣厚度(橙色)的比率。所有值均為光束長度 L 約為 30 µm 計(jì)算得出。插圖顯示了解釋圖表的方案。值大于 100% 表示主瓣或光學(xué)分層比高斯光束更厚。
對(duì)于所有類型的光片顯微鏡,光學(xué)切片和軸向分辨率取決于光片的長度。因此,僅在長度相等的情況下比較光片特性是至關(guān)重要的。在大多數(shù)情況下,長度是由樣品或研究人員希望在單幀中觀察的視野決定的。
因此,作者選擇首先定義光片長度的方法,然后根據(jù)它們提供的軸向分辨率和光學(xué)切片來比較光片。
將高斯光束設(shè)為參考值,作者計(jì)算了相同光束長度下不同光束類型在厚度和光學(xué)切片方面的相對(duì)增益或損失。
圖2顯示了長度為30?µm的光片的結(jié)果。數(shù)值超過100%表明光片厚度 wOS 或主瓣寬度wML大于高斯光束。
總體而言,作者發(fā)現(xiàn)對(duì)于所有光束類型,在這兩個(gè)特性之間存在權(quán)衡:制造薄光片會(huì)以高斯光束的長度或其他光片類型的光學(xué)切片為代價(jià)。
光片顯微鏡的技術(shù)選擇是一個(gè)綜合考量的過程,需要在分辨率、對(duì)比度、光切片質(zhì)量和激光強(qiáng)度之間找到最佳的平衡點(diǎn)。通過深入理解這些技術(shù)參數(shù)及其相互關(guān)系,您可以更加自信地選擇和優(yōu)化適合自己研究的光片顯微鏡技術(shù)。
光片模擬軟件軟件
作者的光片模擬器應(yīng)用程序*數(shù)值計(jì)算光片的 3D 強(qiáng)度分布并量化其尺寸。它可以生成高斯光束、聚焦平頂光束、艾里光束、貝塞爾光束、貝塞爾光束晶格、雙光束和球差光束,以及用戶引入的任意類型光片。該算法將光束在后焦平面的電場(chǎng)幅度和相位作為初始條件,使用光束傳播方法計(jì)算其在焦平面周圍的傳播。
* E. Remacha “Light Sheet Simulator" (2019) [retrieved 5 November 2019]
操作步驟
在Matlab環(huán)境中運(yùn)行LightSheet_Simulator.mlapp,圖3顯示了GUI示例。有三種可能的操作:
仿 真
允許可視化光片的截面以及后焦平面的強(qiáng)度和相位。要模擬本文討論的光片,請(qǐng)?jiān)谶x項(xiàng)卡面板中選擇光束類型并輸入所需參數(shù)。要模擬自定義光片,請(qǐng)選擇“創(chuàng)建光片"選項(xiàng)卡。輸入包含后焦平面幅度和相位的文件路徑。這些文件必須以 tiff 格式提供。
分 析
在模擬光片后,按“分析"以獲得本文定義的主瓣寬度wML、光學(xué)切片厚度 wOS 和長度L 的值。
保 存
在zhi定的目錄下創(chuàng)建文件 simulated_lightsheet.m。該文件包含 3D 強(qiáng)度矩陣以及計(jì)算中使用的數(shù)值和物理參數(shù)。
圖3. 光束模擬器用戶界面
圖3展示了光束模擬器的用戶界面,通過這個(gè)界面,用戶可以選擇不同類型的光束進(jìn)行仿真,分析結(jié)果,并保存數(shù)據(jù)。
閱讀原文:
Elena Remacha, Lars Friedrich, Julien Vermot, and Florian O. Fahrbach, "How to define and optimize axial resolution in light-sheet microscopy: a simulation-based approach," Biomed. Opt. Express 11, 8-26 (2020)
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