采訪南加州大學(xué)轉(zhuǎn)化成像中心生物醫(yī)學(xué)工程學(xué)院分子與計(jì)算生物學(xué)系 Francesco Cutrale 博士和 Scott E. Fraser 博士
之所以開發(fā)將高光譜拆分與相量分析相結(jié)合的技術(shù),是為了簡(jiǎn)化從用多個(gè)熒光團(tuán)標(biāo)記的樣本中采集圖像的過(guò)程。這種組合方法可消除多通道成像中常見(jiàn)的障礙,例如熒光團(tuán)串?dāng)_和低效的每種信號(hào)依次成像(這兩種情況都可能導(dǎo)致丟失信息)。此外,它還有助于改進(jìn)圖像采集和數(shù)據(jù)生成,從而提高實(shí)驗(yàn)效率。
我們采訪了這項(xiàng)技術(shù)的開發(fā)者 Fraser 教授和 Cutrale 博士,希望更深入地了解這種方法及其為日常顯微成像研究工作帶來(lái)的潛在益處。
親愛(ài)的 Francesco 和 Scott,非常感謝你們今天來(lái)到這里并回答我們的問(wèn)題。你們能否詳細(xì)介紹一下如何將高光譜成像與相量分析相結(jié)合,以簡(jiǎn)化從用多個(gè)熒光團(tuán)標(biāo)記的樣本中采集圖像的過(guò)程?你們兩位都是這些領(lǐng)域的專家,或許我們可以先稍微介紹一下這兩種技術(shù)。
Cutrale 博士:高光譜成像技術(shù)已問(wèn)世一段時(shí)間,因?yàn)樗畛跏菫檫b感而開發(fā)的。例如在陸地上飛行的飛機(jī),或環(huán)繞地球的衛(wèi)星。當(dāng)您查看彩色圖像時(shí),如果觀察它們的光譜組成,會(huì)發(fā)現(xiàn)它們可能非常不同。高光譜成像增加了一個(gè)新的成像維度,即波長(zhǎng)。在高光譜成像中,我們不是在各個(gè)通道中依次捕獲單色圖像,而是同時(shí)采集具有大量通道的圖像。二十年前,Scott 已經(jīng)在顯微鏡上采用了這種高光譜探測(cè)方法 ,但是他所用的方法在進(jìn)行拆分時(shí)涉及許多復(fù)雜的數(shù)學(xué)運(yùn)算,這意味著需要區(qū)分哪些組分來(lái)自樣本中的哪種信號(hào)。當(dāng)時(shí)的標(biāo)準(zhǔn)算法是以衛(wèi)星和遙感成像為中心開發(fā)的,因此在這種情況下,光源是太陽(yáng)。它比顯微成像中的信號(hào)強(qiáng)得多,顯微成像的熒光中的信噪比非常低。成像會(huì)受噪聲、速度和光子預(yù)算限制的影響。
Cutrale 博士:要獲取這種信息,必須找到一種能夠抵御上述各種噪聲的可靠算法,它不僅要能非常簡(jiǎn)單地描述單個(gè)像素(因?yàn)樗赡艽_實(shí)會(huì)受噪聲影響),而且也要能讓人簡(jiǎn)單地了解整個(gè)樣本的整個(gè)光譜組成。這正是相量分析所起的作用。相量分析技術(shù)已面世幾十年,在熒光壽命成像 (FLIM) 領(lǐng)域已經(jīng)非常成熟。在STELLARIS 8 FALCON 共聚焦系統(tǒng)這一出色的儀器中,徠卡將壽命成像與相量分析相結(jié)合。相量分析在壽命成像中意義重大,因?yàn)檫@些只是質(zhì)量和頻率域的原始信號(hào)。因此,我們決定使用相量方法來(lái)分離高光譜成像數(shù)據(jù),這具有重大的意義。
4色斑馬魚比率高光譜拆分渲染圖:tg((cltca:citrine);(ubiq:lynTomato); (lifact:mRuby);(fli1:mKo2))。南加州大學(xué)轉(zhuǎn)化成像中心 Rose Chiang 提供。
Cutrale 博士:要對(duì)樣本溫和成像時(shí),信號(hào)量有限。人們希望在成像和不同樣本類型方面具有靈活性。我們?cè)谌昵伴_始了這項(xiàng)高光譜相量工作,并意識(shí)到相量非常有用。它在數(shù)據(jù)去噪和簡(jiǎn)化分析方面起到巨大作用。但我們決定更進(jìn)一步。通常來(lái)說(shuō),如果要使用相量,您確實(shí)要與相量打交道,就必須了解相量分析,這是一大問(wèn)題。許多人在額外學(xué)習(xí)新事物方面猶豫不決,因?yàn)樗麄儽緛?lái)就必須要學(xué)習(xí)很多東西,或者因?yàn)樗麄儗?shí)在沒(méi)有時(shí)間。那么,如果我們能夠利用更加自動(dòng)化的線性光譜拆分類型,并采用更多樣和更靈敏的相量方法呢?這就是我們所做的工作。我們將標(biāo)準(zhǔn)算法的半自動(dòng)化與相量的靈敏度和多樣性相結(jié)合,將所有因素整合在一起,合并形成一個(gè)混合式方法,一個(gè)更靈敏、更快速的光譜拆分算法。使用現(xiàn)在這種方法,用戶不愿意的話*不需要與相量打交道,但仍然可以利用該技術(shù)的優(yōu)勢(shì)。
這聽(tīng)起來(lái)是一個(gè)真正的突破,祝賀 Francesco!Scott,您認(rèn)為在生命科學(xué)研究中將相量分析與高光譜數(shù)據(jù)相結(jié)合的實(shí)際優(yōu)勢(shì)是什么?您會(huì)如何對(duì)一位將顯微鏡用作諸多實(shí)驗(yàn)室工具之一的癌癥研究者解釋這項(xiàng)技術(shù)的工作原理、對(duì)他有什么幫助,而且他不必學(xué)習(xí)任何算法、數(shù)學(xué)知識(shí)?
Fraser 教授:簡(jiǎn)而言之,這種方法可以讓研究者進(jìn)行高光譜成像和拆分,而不必成為高光譜成像專家。這很像用多攝像頭智能手機(jī)拍攝一張照片后只要按下按鈕就可將其拆分,或者也可以架起一個(gè)三腳架,在上面放一部大相機(jī),放入一個(gè)照相底片,然后實(shí)施這個(gè)傳統(tǒng)過(guò)程所包含的其他一切步驟。后者是在成像設(shè)備中采集熒光顯微成像數(shù)據(jù)的常見(jiàn)過(guò)程:總是找不到合適的濾光片,即使有合適的濾光片,也會(huì)有人在上面留下指紋。顯微鏡幾乎總是必須通過(guò)多個(gè)濾光片進(jìn)行多次曝光,然后我們采集這些圖像來(lái)獲得多色圖像。我走進(jìn)顯微鏡實(shí)驗(yàn)室拍照,卻發(fā)現(xiàn)有人拿走了其中一個(gè)濾光片,將其放在另一臺(tái)顯微鏡中,然后掉在地板上。但最主要的是,多色成像通常需要收集多張單獨(dú)拍攝的圖像,然后嘗試將這些圖像剪切和粘貼到一起,就像拼接許多圖像。我們方法的強(qiáng)大優(yōu)勢(shì)在于,它既不需要將濾光片移來(lái)移去,也不需要在改變?yōu)V光片位置后進(jìn)行多次曝光,更不需要用戶掌握復(fù)雜的算法和數(shù)學(xué)知識(shí)。我們?yōu)榇耸褂酶吖庾V成像的智能手機(jī)。對(duì)我來(lái)說(shuō),這個(gè)差別很大。而且,我不必再擔(dān)心有人拿走我星期二做實(shí)驗(yàn)需要的濾光片,在星期一將其放在另一臺(tái)顯微鏡中。
但是,您在獲得樣本的光譜圖像之后需要的計(jì)算工具呢?它與目前市場(chǎng)上的線性光譜拆分技術(shù)或其他光譜拆分技術(shù)相比如何?
Fraser 教授:當(dāng)然,顯而易見(jiàn)的回答是這種方法對(duì)樣本更溫和,但這只是一個(gè)方面。常見(jiàn)的方法是采集圖像、存儲(chǔ)圖像,然后坐在計(jì)算機(jī)前進(jìn)行分析。坐下來(lái)收集數(shù)據(jù)與坐下來(lái)處理數(shù)據(jù)之間的時(shí)間差可能非常明顯?,F(xiàn)在有一種可以自動(dòng)而快速地完成這個(gè)過(guò)程的方法,用戶甚至不會(huì)注意到計(jì)算過(guò)程。就像智能手機(jī)從多個(gè)攝像頭傳感器采集圖像后合成最終看到的圖片一樣,基于相量的分析法會(huì)為您收集和分析圖像。我的許多用戶和學(xué)生會(huì)以為已經(jīng)完成了工作。但在一周或兩周后,他們找時(shí)間進(jìn)行了分析,才發(fā)現(xiàn)并未獲得自己以為已經(jīng)獲得的結(jié)果。這就好比在足球比賽中使用一部老式相機(jī)拍照,一段時(shí)間后在照片沖印室沖洗膠片,檢查所拍照片是否符合預(yù)期。但是,那時(shí)足球比賽早已結(jié)束,您既不能回到那時(shí)再拍照,也不能組織另一場(chǎng)比賽補(bǔ)拍錯(cuò)過(guò)的場(chǎng)景。 通過(guò)自動(dòng)化的相量分析,您可以立即從樣本中獲得結(jié)果——您坐在顯微鏡前觀察樣本時(shí)就可以提取到信息。
謝謝 Francesco 和 Scott,我們期待著看到這項(xiàng)神奇的技術(shù)得到進(jìn)一步發(fā)展!
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